Costituita nel 1871 in Firenze da Paolo Mantegazza e da Felice Finzi, a seguito della Cattedra di Antropologia dell’Ateneo Fiorentino, assegnata nel 1869 a Paolo Mantegazza fondatore, nello stesso anno, del Museo Nazionale di Antropologia e Etnologia. Nata all’origine col nome di “Società Italiana di Antropologia e Psicologia Comparata”, con lo scopo di “contribuire allo studio dei caratteri somatici, psichici e culturali dell’uomo nelle loro variazioni etniche”, la nuova Istituzione accolse ben presto zoologi, paletnologia, medici, fisiologi, storici e viaggiatori, come lo dimostra il primo elenco di Soci, pubblicato il 16 luglio 1871, nell’ “Archivio per l’antropologia e la Etnologia” periodico annuale -  oggi al 139˚ volume – divenuto organo ufficiale della Società medesima, fondato da Paolo Mantegazza e Felice Finzi. L’elenco dei Soci era destinato ad accrescersi nel tempo in numero e prestigio con nuove personalità fra cui, uno per tutti, il noto Charles Darwin. Mediante i cambi con la Rivista sociale si venne formando una ricca biblioteca specializzata, fra le prime del mondo, nella quale affluivano i contributi scientifici di specialisti delle maggiori istituzioni antropologiche d’Europa e dei Paesi extra-Europei.

Il fervore e l’eterogeneità di interessi dottrinali sostenuti e alimentati dalla natura poliedrica dell’ingegno di Paolo Mantegazza sono ben documentati dai Rendiconti delle riunioni mensili dei Soci (suddivisi in Onorari, Corrispondenti e Ordinari) tenute da novembre a giugno, nel corso delle quali si dibattevano le questioni scientifiche di maggiore attualità nel campo antropologico e dalla ricchezza delle collezioni che affluivano al Museo.

Ad opera sempre di alcuni Soci e collaboratori più fedeli del Maestro, nel 1901 veniva alla luce anche il “Laboratorio Antropometrico” intitolato a Paolo Mantegazza, dotato degli strumenti necessari allo studio dei caratteri somatici sullo scheletro e nel vivente, grazie al quale sono state organizzate fino ai giorni nostri, con sempre nuove metodologie, tutte le spedizioni scientifiche degli studiosi afferenti alla scuola antropologica fiorentina.

Molte missioni di studio in terre lontane sono state patrocinate e volute proprio dalla Società Italiana di Antropologia, per conoscere i caratteri somatici di molte popolazioni extra-europee e per documentarne la cultura originale oggi scomparsa o trasformata. Missioni che hanno arricchito il Museo antropologico fiorentino di collezioni osteologiche ed etnografiche di interesse unico e che rinnovano ancora oggi la vita di questa antica Istituzione che insieme al Museo, alla Biblioteca e all’ “Archivio”, tutte riunite a Palazzo Nonfinito in Firenze, sono la testimonianza più valida dell’opera del loro fondatore.